Maksymalne dopuszczalne stężenie amoniaku w pomieszczeniach dla drobiu wynosi 25 ppm. W niektórych obiektach wartości te są znacznie przekroczone, nawet dwukrotnie. Zagrożenie związane ze zwiększoną emisją amoniaku wynika z jego szkodliwości, zarówno dla zwierząt i ludzi, jak również dla środowiska naturalnego. Nadmierne stężenie amoniaku powoduje u drobiu obniżenie odporności błony śluzowej dróg oddechowych oraz uszkodzenie układu nerwowego i układu krążenia. Długotrwałe narażenie ptaków na działanie amoniaku prowadzi do immunosupresji, co predysponuje je do zapadania na wiele zakaźnych chorób. Wykazano również, że wraz ze wzrostem emisji amoniaku dochodzi do zmniejszenia pobierania paszy przez ptaki, obniżenia produkcji jaj i przyrostu mięsa, co w konsekwencji negatywnie odbija się na efektywności prowadzonej hodowli.
Nadmierna emisja amoniaku to również negatywny wpływ na otaczające środowisko naturalne. Nieprzyjemny zapach w okolicach ferm jest przyczyną dużej ilości skarg kierowanych do Inspekcji Ochrony Środowiska. Obecnie, w zakresie ochrony środowiska, hodowców drobiu obowiązuje Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 9 listopada 2004 r. (Dz.U.Nr 257, poz.2573) , z którego wynika, że fermy drobiu, z obsadą zwierząt przekraczającą 240 DJP, zobowiązane są do sporządzania raportu o wpływie na środowisko, który stanowi podstawę do wydania „zintegrowanego pozwolenia” na prowadzenie działalności. W przyszłości hodowcy muszą się spodziewać zaostrzenia regulacji prawnych dotyczących ochrony środowiska, w związku z projektem ustawy o przeciwdziałaniu uciążliwości zapachowej.
  Omawiając szkodliwość amoniaku, nie można pominąć równie istotnego problemu jakim jest jego negatywne oddziaływanie na personel obsługujący fermę. Pracownicy narażeni są na podrażnienia śluzówki oczu, nosa, gardła oraz dróg oddechowych. Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Pracy i Polityki Społecznej z dnia 29 listopada 2002 (Dz. U. 2002, nr 217, poz.1833) w sprawie najwyższych dopuszczalnych stężeń i natężeń czynników szkodliwych dla zdrowia w środowisku pracy, najwyższe dopuszczalne stężenie (NDS) amoniaku wynosi 14 mg/m3 (11 ppm), natomiast najwyższe dopuszczalne stężenie chwilowe (NDSCh, w czasie 30 min) wynosi 28mg/m3 (22 ppm).