Z zoohigienicznego punktu widzenia, do szkodliwych dla zwierząt gazów, powstających w wyniku procesów biochemicznych zachodzących w ściółce, zalicza się amoniak (NH3), siarkowodór (H2S), dwutlenek węgla (CO2) i metan (CH4). Powietrze zanieczyszczone wymienionymi gazami jest słabiej wykorzystywane przez ptaki, co w konsekwencji prowadzi do niedoboru tlenu a nawet do uszkodzenia narządów oddechowych i układu odpornościowego. Ponadto, wysoki poziom szkodliwych gazów niekorzystnie wpływa na przyrost masy zwierząt. Istotnym problemem jest również jego szkodliwość dla personelu obsługującego fermę. Amoniak w kurniku powstaje głównie w wyniku rozkładu kwasu moczowego, białka, mocznika i amidów. Szybkość rozkładu tych substancji przez drobnoustroje, a więc i emisja amoniaku do środowiska, w którym żyją ptaki, uzależniona jest m.in. od rodzaju ściółki, jej składu, temperatury, wilgotności i pH. Zwiększoną ilość amoniaku w obiekcie hodowlanym obserwuje się również w okresach wzmożonych procesów metabolicznych, wywołanych chorobami lub wadliwą obsługą techniczną pomieszczeń drobiarskich. Gazowy amoniak (NH3), w warunkach normalnych jest gazem bezbarwnym o silnym drażniącym zapachu. Amoniak jako znacznie lżejszy od powietrza, koncentruje się w górnych partiach kurnika. W przypadku gdy wilgotność względna przekracza 85%, amoniak rozprzestrzenia się równomiernie w całym pomieszczeniu oraz łączy się z wodą, tworząc wodorotlenek amoniowy. Największa emisja amoniaku ma miejsce w bezpośrednim sąsiedztwie linii pojenia oraz żywienia, natomiast najmniejsza, przy podłużnych ścianach oraz wzdłuż środkowej części budynku. Jego szkodliwe działanie uzależnione jest nie tylko od stężenia, ale przede wszystkim od czasu ekspozycji. Długotrwałe przebywanie w warunkach podwyższonego stężenia amoniaku powoduje u zwierząt szereg niekorzystnych zmian i reakcji, m.in. (1) obrzęki i zlepienia powiek wyciekiem surowiczo-śluzowym, (2) zmianę liczby i głębokości oddechów spowodowaną łączeniem się amoniaku z hemoglobiną i wytworzeniem  hematyny alkalicznej,  nie posiadającej zdolności przenoszenia tlenu, (3) zmniejszenie poziomu frakcji γ-globulinowych odpowiedzialnych za odporność organizmu, (4) utratę nabłonka migawkowego oraz rzęsek w tchawicy i oskrzelach, pomagających eliminować drobinki kurzu i pyłów, (5) zwiększenie ryzyka wystąpienia w stadzie choroby Ort, czyli Ornithobacterium rhinotracheale oraz mykoplazm (6) zwiększenie wrażliwości na pomór rzekomy i zapalenie worków powietrznych, (7) niedobory w zakresie ochrony immunologicznej, (8) brak jednorodności statusu odpornościowego w obrębie stada, (9) zwiększenie ryzyka zakażeń bakteryjnych przez Escherichia coli, Pasterella multocida oraz Staphylococcus aureus, (10) wzrost  agresywności, kanibalizmu i pterofagii oraz (11) zmniejszenie nieśności jaj.